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Illustration médicale du covid 19.

Radiographie du coronavirus : est-on sûr de l'origine du virus ?

8 min
À retrouver dans l'émission

De longs mois après son apparition, sommes-nous parvenus à identifier précisément comment est né le coronavirus ? Que sait-on à ce stade sur son origine ?

Illustration médicale du covid 19.
Illustration médicale du covid 19. Crédits : Sumith Nunkham - Getty

Au micro de Guillaume Erner, chaque vendredi à 7h12, Nicolas Martin, producteur de l'émission "La méthode scientifique", du lundi au vendredi à 16h sur France Culture, vient éclairer certains aspects de l'épidémie de coronavirus.

Ce matin, retour sur l'origine du coronavirus. Qu'en connaissons-nous précisément ? 

Que sait-on ? 

Nicolas Martin : "Un certain nombre de publications se reposent la question de l’origine du coronavirus, un certain film aussi, que l'on dirait complotiste et qui a reçu une certaine audience."

Nicolas Martin poursuit : "Il y a notamment une interview qui a été relayée dans plusieurs médias tout à fait sérieux. Des journaux scientifiques comme le Journal du CNRS, d’un virologue lui aussi tout à fait sérieux, qui s'appelle Etienne Decroly et qui dit notamment je le cite : « tant qu'on n'aura pas trouvé l'hôte intermédiaire, cette hypothèse d'un échappement accidentel d'un laboratoire ne peut être écartée par la communauté scientifique ». Voilà donc le retour (de l'hypothèse) du virus créé en laboratoire. C'est pour cela qu'il nous a semblé important, ce matin, de refaire un point. D'autant que, comme vous allez le voir, en effet, tout n'est pas complètement établi."

Plus précisément, voilà que ce rappelle Nicolas Martin : "Ce qui est confirmé, c'est que le virus qui provoque la Covid, c'est le SarsCov2. Parce que le Cov 1, c'est le virus qui a provoqué l'épidémie de SRAS en 2003, qui est un coronavirus également. Or, pour le Cov1, on a toute la chaîne : la chauve souris d'abord (comme pour le Cov 2), puis l'hôte intermédiaire (c’était la civette palmée, petit mammifère qui vit en Asie) avant de passer à l’homme."

"Pourquoi un hôte intermédiaire ? Pourquoi est ce que ça ne passe pas directement de la chauve souris à l'homme ? Et bien parce que le virus, en changeant d'espèce, il y a ce qu'on appelle les phénomènes de recombinaison. La recombinaison c’est exactement ce qui se passe avec les gènes humains. Par exemple, si vous avez la couleur des cheveux de votre père et la couleur des yeux de votre mère, eh bien en fait, les deux génomes se sont mélangés et se sont recombinés pour aboutir à une nouvelle combinaison qui est la vôtre. C'est la même chose qui se passe avec les virus, avec les traits pathologiques. Le virus mute et il va emprunter différentes caractéristiques de contagiosité ou de virulence, par exemple, à chaque espèce. A la fin, ça va faire un assemblage qui va permettre, in fine, d'être compatible et donc de passer à l'être humain. Pour le Cov 1, donc, c'était la civette palmée, l’hôte intermédiaire. Pour le MERS-CoV, c'était le dromadaire. Et pour le Cov2, on pensait que c'était le pangolin."

Comme l'explique Nicolas Martin : "Aujourd’hui il y a des doutes (sur le pangolin). Ce qu'on sait, c'est que le Sarscov 2 de l'être humain est très très proche de celui de la chauve souris (à 96%), mais beaucoup moins de celui du pangolin (entre 85% et 90%). Mais dans le virus de la chauve souris, il y a un problème : il y a un acide aminé (un petit nucléotide), comme une pièce de puzzle, qui ne s'emboîte pas chez l'être humain dans les récepteurs. Il y a une clé qui ne rentre pas dans la serrure. Donc le passage direct de la chauve souris à l’être humain est impossible. Or, chez le pangolin, même s'il y a moins de similarité, en revanche, le virus a muté et la pièce, justement, la clé rentre bien dans le récepteur. C’est la même pièce de puzzle que pour l'être humain. C’est pour ça qu'on a pensé que le pangolin était l'hôte intermédiaire, qu’il avait pris cette pièce de puzzle pour l'ajouter à son génome. Ce qui fait que, en recombinant tout, ça pouvait rentrer chez nous. Mais il y a un problème, c'est qu'il y a une autre pièce de puzzle essentielle à l'infection des cellules humaines que l'on retrouve ni chez la chauve souris ni chez le pangolin. Conclusion donc, c'est que contrairement aux Cov1 ou au MERS, on ne connaîtrait pas encore vraiment l'hôte intermédiaire précis qui a permis le passage de la chauve souris à l'être humain. Or, le problème, c'est que si cet hôte intermédiaire, cet animal comme la chauve souris, ne déclare pas d'infection (la chauve souris ne tombe pas malade du Sars cov2), et bien peut-être que, in fine, on n'aura pas les moyens de retrouver cet intermédiaire et qu'on ne le connaîtra jamais."

Le virus peut-il venir d’un laboratoire ?

Nicolas Martin : "Théoriquement, et jusqu'à preuve du contraire, il est vrai que scientifiquement, si on approche ça d'un regard scientifique, on ne peut pas à 100% écarter cette hypothèse. Mais néanmoins, à l'heure actuelle, pour le moment, il n'y a pas un seul indice qui vienne étayer cette hypothèse de laboratoire."

"Ce qu'on peut dire, c'est que d'une part, par exemple, s'il y avait eu des manipulations génétiques faites par l'être humain, on l'aurait vu tout de suite. Pour construire un virus, il faut un squelette, une architecture. Or, ici, on voit bien que le virus s'inscrit dans une histoire d'évolution génétique. On peut remonter jusqu'à la chauve souris. On peut voir qu'il a muté chez le pangolin. On peut voir qu'il infecte, par exemple, une autre catégorie d'animal qui sont les félidés. On voit qu'il y a une histoire évolutive. On peut évaluer, selon une étude parue dans le journal « Nature », qu’il aurait commencé à se différencier, le Sars cov2 humain, de la chauve souris, il y a entre 40 et 70 ans - probablement même assez précisément grâce à l'horloge moléculaire on peut dire autour de 1969."

"Deuxième chose, on pourrait dire que le virus, s'il n'a pas été créé de toutes pièces par l'être humain, aurait pu être étudié, par exemple en laboratoire et puis un animal se serait échappé ou une personne contaminée serait sortie de laboratoire et ça aurait débuté l'épidémie. Mais une fois de plus, la vie réelle, notre réalité, ce n’est pas « Le fléau » de Stephen King. Ce n’est pas un évènement, ce n'est pas une personne ou un animal qui va lancer une épidémie mondiale. Si on remonte l'histoire épidémiologique, on voit bien qu'il n'y a pas eu un, mais plusieurs départs épidémiques pour le Sars cov2 avant celui qui a fini par se globaliser."

"Comme nous le rappelle Yves Gaudin, qui est virologue et directeur de recherche CNRS à l'Institut de biologie intégrative de la cellule de l'Université de Paris-Saclay que nous avons interrogé, des passages de l'animal sauvage à l'homme, il y en a tout le temps. Il y a une étude qui a été faite sur des populations en Chine, qui vit à proximité de grottes où sont les chauves souris et on trouve 0,6% d'entre elles qui présentent des anticorps naturels contre les coronavirus. C'est la preuve que les contaminations naturelles se font en fait en permanence."

"Pour conclure, ce qu'il faut dire, c'est qu'il y a un principe en science qui est très important, qui s'appelle le rasoir d'Ockham. On appelle ça aussi le principe de parcimonie ou d'économie. Face à deux hypothèses concurrentes et en l'absence de preuves discriminantes solides, il faut toujours toujours toujours privilégier la plus simple."

"Ici, en l'occurrence, on a tous les indices épidémiologiques phylogénétiques. Même en l'absence de preuves formelles, tous ces indices nous pointent vers une origine naturelle. Pourquoi alors se compliquer la vie à imaginer qu'il y aurait un accident de laboratoire ou un complot secret qui aurait fini par contaminer l'intégralité de l'humanité ?" 

Fakenews

Une fake news a circulé à propos des vaccins de Pfizer et Moderna : des vaccins ARN qui pourraient rentrer dans nos cellules et modifier notre code génétique et celui de nos futurs descendants.  

Nicolas Martin explique que : "Non, pas du tout, absolument pas et dans aucun cas ceci est possible, puisque le Sarscov 2, c'est un virus à ARN. L’ARN c'est l'étape intermédiaire entre l'ADN et les protéines qui vont être produites. C'est une sorte de traducteur qui permet de passer de l'un à l'autre. Donc, le Sarscov2 n’a pas d'ADN, c'est directement de l’ARN. Et cette traduction de l’ARN en protéines (c’est ce qui provoque les effets, les protéines) - ça ne se passe pas dans le noyau de la cellule, ça se passe à l'extérieur du noyau."

"Le virus est donc le brin d’ARN messager qui va être utilisé pour répliquer le virus dans le vaccin. Il ne va pas pénétrer dans notre code génétique. Il ne va pas rentrer dans le noyau et se mélanger à notre ADN. Il reste à l'extérieur, dans ce qu'on appelle le cytoplasme. Il se fait transcrire en protéines, puis ensuite, il est naturellement dégradé par les outils de la cellule."

"Le VIH c’est aussi un virus ARN et lui rentre dans le code génétique. Mais le VIH, ça n'est pas un coronavirus, c'est un rétrovirus. Ce n'est pas du tout le même type de virus. Pas d'inquiétude, donc. Si la sécurité vaccinale de ces vaccins ARN de Pfizer et Moderna est avérée par la suite des études et des essais cliniques, vous pouvez aller vous faire vacciner en toute tranquillité pour vous et pour vos éventuels futurs descendants. 

Avec la collaboration d'Alexandra Delbot.

Vous pouvez écouter l'interview en intégralité en cliquant sur le player en haut à gauche de cette page.

Intervenants
  • Producteur de l'émission "La Méthode scientifique" sur France Culture
L'équipe
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