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SARS-CoV-2 : il est possible de prédire les mutations d’un virus

6 min
À retrouver dans l'émission

Une nouvelle méthode pour prévoir les futures mutations d’un virus, et autres actualités scientifiques.

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. Crédits : Andriy Onufriyenko - Getty

Selon une étude parue hier dans la revue PNAS, il est possible de prédire les mutations d’un virus, notamment celles du SARS-CoV-2. Au début de la pandémie, une équipe française s’est demandée s’il était possible de prévoir les mutations qui pourraient émerger et qui donneraient naissance à des variants, tout cela avec très peu de données disponibles pour l'époque. Très vite, en décembre 2019, on a eu un premier génome du SARS-CoV-2. Avec cette seule séquence génomique, les chercheurs montrent que l’on peut déjà faire des prédictions. Dans leur modélisation statistique, on voit une corrélation entre ce qu’on observe aujourd’hui et ce que ces chercheurs avaient prédit. L’intérêt de cette nouvelle méthode est qu’elle peut être applicable à d’autres virus, notamment si l'on se retrouve face à un nouveau pathogène viral. Elle peut ainsi être un outil pour guider la recherche thérapeutique à trouver des cibles plus robustes, sans risque d’échappement immunitaire.

Martin Weigt est chercheur et professeur de bio-informatique à Sorbonne Université. Il a dirigé cette étude.

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LA_METHODE_SCIENTIFIQUE - JDS Martin Weigt

Le supercalculateur ARCHER 2 est en marche

"ARCHER 2", pour Advanced Research Computing High End Resource 2, est en marche. Ce supercalculateur anglais, installé à l'Université d'Édimbourg, est l’une des machines les plus puissantes, à la 22ème place du classement mondial des superordinateurs. Financé par le gouvernement britannique, il a été mis en tension fin novembre. Il est toujours en phase de test mais fonctionne déjà pour des modélisations météorologiques et climatiques. Il est cinq fois plus rapide que son prédécesseur, le supercalculateur ARCHER. Le gouvernement britannique planche déjà sur la succession d’ARCHER 2, avec une nouvelle génération de supercalculateurs cinquante fois plus puissante, prévue pour arriver d’ici 2025.

Des micro-organismes qui produisent de l’oxygène même dans l’obscurité

Une étude parue dans la revue Science décrit la découverte de micro-organismes capables de produire de l’oxygène, même dans l’obscurité. On sait que l’oxygène est crucial pour le métabolisme de nombreuses espèces. Une équipe danoise a fait la découverte des facultés inattendues des Nitosopumilus maritimus. Ce sont des micro-organismes de la famille des archées, de 200 nanomètres, très répandus dans les fonds marins et ce, même dans des zones où il n’y a ni lumière ni oxygène. Dans des expériences en laboratoire, les chercheurs montrent que ces organismes, lorsqu'ils sont placés dans des conditions anoxiques, peuvent régénérer de petites quantités d'oxygène par un processus biologique inconnu jusqu’alors. La prochaine étape serait donc d'étudier ce phénomène in situ.

Les hérissons : des incubateurs à superbactéries

Enfin, selon une étude parue dans la revue Nature, des bactéries résistantes aux médicaments ont évolué sur les hérissons et cela, avant l'utilisation massive des antibiotiques ! Une équipe internationale a fait des prélèvements sur 276 hérissons provenant d’un peu partout dans le monde. Résultats : 60% de ces petits mammifère à piques sont porteurs de staphylocoques résistants, comme typiquement les staphylocoques dorés, qui résistent aux traitements et à la méticilline. En remontant leur arbre phylogénétique, les chercheurs ont découvert que ces superbactéries ont évolué il y a 200 ans, pour survire sur la peau des hérissons, sur laquelle cohabite un champignon qui sécrète naturellement de la méticilline. Voici un exemple de la guerre évolutive et de l'adaptation des bactéries pour leur survie.

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