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Essai clinique dans le laboratoire Xenothera Biotech du CHU de Nantes

Variants, vaccination, mesures de restriction : l’équation aux multiples inconnues. Avec Odile Launay et Samuel Alizon.

49 min
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Ce mercredi, un nouveau conseil de défense sanitaire s’est tenu. Alors qu’une dizaine de départements fait face à une recrudescence préoccupante de l’épidémie, le gouvernement assure tout mettre en oeuvre pour éviter un nouveau confinement.

Essai clinique dans le laboratoire Xenothera Biotech du CHU de Nantes
Essai clinique dans le laboratoire Xenothera Biotech du CHU de Nantes Crédits : LOIC VENANCE - AFP

Après les Alpes-Maritimes, c’est au Nord et à la Moselle de faire face à une recrudescence préoccupante de l'épidémie. Trois semaines après la décision du Président  de ne pas reconfiner le pays, le gouvernement réitère son souhait et assure tout mettre en œuvre pour éviter un confinement national.  

Alors que le Royaume-Uni se déconfine progressivement après des mois de restrictions, la France met en place des mesures localisées. Quel bilan dresser de ces différentes stratégies ? Où en est-on de la modélisation de l’épidémie ? Comment les variants impactent les différentes projections ? 

Le point sur la campagne de vaccination

Notre problématique en France est qu’on a très peu de doses de vaccin contrairement au Royaume-Uni ou Israël. Là-bas, on voit déjà que la vaccination a un impact sur la circulation du virus. Odile Launay

En France le nombre de doses disponibles est faible et on ne ressent encore les effets de la vaccination. On peut essayer de donner plus de doses aux régions les plus touchées, mais si le nombre de doses est toujours faible, ça n’aura pas d’impact sur la circulation. Odile Launay

Comprendre la transmission en France

Il faut rappeler qu’il y a une grande part de hasard dans la transmission du virus. Notamment quand on voit qu’une personne ne cause pas d’infection, et qu'une autre en provoque dix. Samuel Alizon

L'émergence des épidémies de variants est très liée au hasard. Mais il y a des données qu’on peut rajouter : les Hauts-de-France est la région la plus proche de l’Angleterre. Les Alpes-Maritimes - qui risquent aujourd'hui un reconfinement - vivaient déjà un redémarrage de l'épidémie avec le retour des fêtes de Noël et le couvre-feu avait réussi à ralentir la propagation. Samuel Alizon

Le changement de route lié aux variants

Il faut bien comprendre que c’est un nouveau virus qui a des propriétés qu’on ne maitrise pas bien - dans sa capacité à se transformer par exemple - ce qui le rend plus contagieux. On sait que ce virus va l’emporter sur le premier mais on ne sait pas encore le maitriser. Il s’adapte mieux à l’homme, alors que l’original était issu d’un animal, c’est pourquoi le variant est plus transmissible. Odile Launay

On sait que c’est une pandémie exceptionnelle, avec des mesures de confinement encore jamais adoptées de cette façon-là. Ça fait un an qu’on prend des mesures avec toujours des incertitudes sur les résultats. On fait au mieux, dans chaque pays les approches ont évoluées au fil du temps. Odile Launay

Pourquoi séquencer ?

Le séquençage consiste à aller voir l’ARN du virus, c'est à dire son matériel génétique. À chaque fois qu’il se réplique en infectant une personne, il y aura des mutations qui vont se fixer sur son génome. Samuel Alizon

Avec le séquençage, on essaye d'abord de dépister des mutations qui pourraient avoir un effet sur la contagion : les variants étaient porteurs de ces mutations pouvant affecter la protéine de spicule permettant d’infecter un organisme. Samuel Alizon

Une autre raison est de suivre les mutations qui n’ont pas d’effets, pour retracer l’histoire évolutive du virus qui correspond à l’histoire épidémiologique. Cela permet de mieux comprendre la propagation. Avec un travail de séquençage on peut savoir si l’épidémie qui circule dans un département est spécifique à ce département ou s’il s’agit d’une chaine de transmission visible dans toute la région. Samuel Alizon

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Intervenants
  • infectiologue à l’hôpital Cochin à Paris, coordinatrice du groupe vaccination prévention de la Société de pathologie infectieuse de langue française.
  • directeur de recherche au CNRS, spécialiste de l’évolution des maladies infectieuses
L'équipe
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