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Le 11 mai, la France comptera environ 5,7% de personnes infectées au niveau national.

Epidémie de Covid-19 : l'Institut Pasteur sort les chiffres

6 min

Sciences |Chaque jour, Nicolas Martin, producteur de La Méthode scientifique, fait un point sur l'avancée de la recherche sur le coronavirus. Il revient aujourd'hui sur l'étude épidémiologique présentée hier par l'Institut Pasteur sur l'ampleur de l'épidémie en France.

Le 11 mai, la France comptera environ 5,7% de personnes infectées au niveau national.
Le 11 mai, la France comptera environ 5,7% de personnes infectées au niveau national. Crédits : da-kuk - Getty

L’Institut Pasteur a présenté mardi 21 avril une étude épidémiologique sur l’ampleur de l’épidémie en France.

C'est une étude forcément intéressante en ce qu'elle propose un modèle de dispersion de l'épidémie, et qu'elle montre quels ont été les effets des mesures de confinement et vous avez certainement déjà entendu que ces effets ont été copieux. 

Quelques chiffres intéressant qui aident à rationaliser pour commencer : seules 2,6% des personnes infectées sont hospitalisées, et 0,53% meurent, avec d'importantes variations de ce taux de mortalité qui est au plus haut, chez les plus de 80 ans de 8,3%, contre seulement 0,001% chez les moins de 20 ans. L'âge moyen des personnes hospitalisées est de 68 ans, celui des décès de 79 ans et plus de 8 décès sur 10 surviennent chez les plus de 70 ans. Par ailleurs, la mortalité est un peu plus élevée chez les hommes, 60% contre 40 pour les femmes.

Comment ont été obtenus ces chiffres ? Il faut avant tout préciser qu'il s'agit d'un modèle. Ce n'est pas le résultat d'une étude épidémiologique d'ampleur sur l'ensemble de la population, à l'image de celle qu'est en train de réaliser en Allemagne le Max Planck Institute sur 100 000 citoyennes et citoyens allemands.

Ce modèle, réalisé par l'Institut Pasteur, Santé Publique France et l'Inserm a croisé deux jeux de données. D'une part, des données épidémiologiques tirées des chiffres quotidiens d'hospitalisation privées et publiques entre le 13 mars et le 24 avril, données croisées avec d'autres données d'un tout autre registre, celles du bateau Diamond Princess – qui est resté en quarantaine au large du Japon et dont l'intégralité des 3711 passagers et membres d'équipages ont été testés, ce qui permet d'avoir des statistiques très représentatives de la dispersion de l'infection, du nombre de cas et de décès sur un groupe contrôle fixe et relativement représentatif. Et donc, in fine, extrapoler des estimations d'évolution sur les chiffres français à partir des modèles de propagation de l'épidémie issus du Diamond Princess. 

Les données françaises nous donnent un nombre de décès uniquement pour les personnes hospitalisées – les décès en EPHAD n'ayant pas été comptabilisés parce que répondant à une dynamique d'infection différente et non représentative et le reste de la population non testée. Ces données nous donnent 71 903 hospitalisations pour 10 129 décès. 

Le Diamond Princess établit que sur les 3711 personnes à bord, il y a eu 719 infections et 13 décès. En recoupant ces deux jeux de données, les chercheurs aboutissent à un taux de létalité de 0,53% - taux relativement proche des dernières estimations chinoises qui oscillaient entre 0,5 et 0,7, ce qui permet d'inférer que pour un décès comptabilisé, il y a environ 200 personnes infectées.

C'est grâce à ce chiffre que l'étude estime qu'en date du 11 mai, la France comptera environ 5,7% de personnes infectées au niveau national – avec une importante marge d'erreur, qui va de 3,5% à 10,3%. Et c'est le premier enseignement de taille : quel que soit l'endroit dans la fourchette, haute ou basse, nous serons, loin, très loin de l'immunité collective, qui se situe aux alentours de 70% de la population infectée pour en finir avec la propagation du virus.

Quelle efficacité des mesures de confinement ?

Une efficacité que l'on constate avec la diminution drastique du R0 – c'est à dire du taux de reproduction de la maladie. Je vous ai souvent parlé de ce R0 qui était estimé autour de 2,5 via les modèles chinois. Selon l'étude de Pasteur, en France – et probablement dans le reste de l'Europe, le taux de reproduction est plus élevé, aux alentour de 3,3, c'est à dire qu'en moyenne, une personne malade contamine 3,3 personnes saines.

De 3,3, le R0 est passé en France à 0,5. C'est une baisse spectaculaire de 84%. Et cela dit deux choses essentielles – outre le fait que le confinement est efficace. D'une, avec un R0 inférieur à 1, la courbe épidémique s'est infléchie. Si une personne n'en contamine en moyenne plus que 0,5, 100 patients, en contamineront 50, puis 25 jusqu'à l'extinction de l'épidémie. Mais surtout, cela dit qu'au moment du relâchement partiel du confinement, nous aurons une marge de manœuvre, c'est à dire que l'on peut laisser ce R0 remonter très légèrement avant qu'il ne repasse au-dessus de 1 et relance un cycle de contagion épidémique. 

Ce qui est, pour les pouvoirs publics, plutôt une bonne nouvelle. Puisque ce que cette étude dit aussi, et c'est tout le paradoxe de la situation, c'est que le confinement, ça marche, ça endigue l'épidémie mais ça empêche aussi l'immunité de groupe. Comment faire alors pour la suite, et pour éviter ce que le gouvernement cherche à tout prix à éviter, à savoir un second pic épidémique, et le retour à des mesures de confinement drastiques ? Cette décision relève de la politique. Mais il est certain qu'il va falloir desserrer le confinement tout en maintenant, et pendant assez longtemps, des mesures de distanciation sociale strictes, efficaces, et suffisamment fortes pour maintenir ce taux de reproduction le plus bas possible - ce qui, vous en conviendrez, n'est pas le moindre des casse-têtes - et ce jusqu'à l'apparition a minima d'un remède à l'efficacité indiscutablement démontrée ou au pire, d'un vaccin, ce qui projette sur un temps encore plus long.

Tous les chercheurs que nous avons contacté, Simon Cauchemez modélisateur à l'Institut Pasteur qui a participé à cette étude, et Samuel Alizon directeur de recherche CNRS à Montpellier disent en tout cas une chose commune : si l'on veut déconfiner efficacement, il faudra, quoi qu'il en soit, dépister plus, et le dépistage en France n'a pour l'heure pas été suffisant

Nicolas Martin et l'équipe de La Méthode scientifique.

Intervenants
  • Producteur de l'émission "La Méthode scientifique" sur France Culture
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