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Comment le taux de reproduction est-il calculé ?

La Covid est-elle plus contagieuse qu’annoncée ?

4 min

Sciences |Nicolas Martin revient sur une étude qui annonce une contagiosité de la Covid beaucoup plus haute qu’annoncée.

Comment le taux de reproduction est-il calculé ?
Comment le taux de reproduction est-il calculé ? Crédits : 4X-image - Getty

Il ne s'agit pas de n’importe quelle étude obscure produite au fin fond d’un laboratoire alternatif par des modèles informatiques pirates. Il s’agit d’un rapport du CDC américain, le Center for Disease Control, qui, en analysant des données chinoises, estime le R0, le taux de reproduction, à 5,7, au lieu des 2,9 calculés par l’Institut Pasteur, ce qui constitue, vous en conviendrez, une différence de taille.

Petit rappel pour celles et ceux d’entre vous qui auraient raté les épisodes précédents. Le R0, c’est le taux de reproduction de la maladie, soit le nombre moyens de personnes qui sont infectées par un seul malade. Ce chiffre, pour la Covid, est globalement envisagé autour de 3. Un malade contamine donc 3 personnes, ce qui dessine la courbe épidémique, la progression de la maladie dans la population. Avec 1000 malades, on aboutit à 3000 malades, puis 9000 etc, le tout bien sûr en l’absence de mesure de contrôle.

Si ce R0 passe sous les 1, alors l’épidémie recule puisque de 1000 malade, avec un R0 de 0,7 – selon les calculs de l’Institut Pasteur, on arrive à 700, puis 490, puis 343 et ainsi de suite, jusqu’à extinction de l’épidémie.

Les pouvoirs publics ont donc les yeux rivés sur cet indicateur, puisque c’est grâce à lui que l’on peut estimer si l’épidémie a, ou non, des chances de repartir.

Comment est-il calculé ? Eh bien en fonction de trois paramètres : la durée de la période infectieuse, c’est-à-dire pendant laquelle une personne porteuse du virus peut le transmettre, le taux de contacts et la probabilité d’infection par contact. 

On comprend dès lors que ce taux est évolutif, et sensible aux mesures qui sont prises puisqu’en mettant en place un confinement de la population, on fait drastiquement chuter le taux de contact de la population et lorsqu’on instaure des mesures de distanciation physique, ainsi que la généralisation du port du masque, on fait cette fois-ci chuter la probabilité d’infection par contact.

Selon les calculs de l’Institut Pasteur, dont je vous avais parlé ici, c’est ainsi qu’à l’issue de 8 semaines de confinement, le R0 en France est passé d’un peu plus de 3 à moins de 1, en l’occurrence entre 0,6 et 0,7.

Mais alors à quoi correspond ce R0 de 5,7 calculé par le CDC américain ?

D’abord, les données utilisées pour cette étude, il s’agit de 140 cas confirmés de Covid recensés par le CDC chinois. Les chercheurs estiment que le temps d’incubation du virus est de 4,2 jours. Le taux de croissance du début de l’épidémie entre 0,21 et 0,30 par jour, avec un doublement tous les 2,3 à 3,3 jours, ce qui sont des valeurs moyennes partagées par de nombreuses études.

Mais ce qui change dans ce calcul de R0, c’est ce qu’on appelle « l’intervalle sériel », c’est-à-dire le temps entre l’apparition des symptômes chez la personne qui infecte, et l’apparition des symptômes chez la personne infectée. Le temps généralement pris en compte est de 4,6 jours mais pour cette étude, les auteurs ont estimé que cette durée était sous-estimée, et l’ont calibrée entre 7 et 8 jours. 

Par conséquent, puisque la période pendant laquelle une personne infecte les autres est plus longue, cette personne est plus susceptible de contaminer d’autres personnes et donc, immédiatement, le R0 grimpe en flèche, et passe de 3 à quasiment 6.

Ces données sont-elles à prendre plus au sérieux que les calculs de l’Institut Pasteur ? Pas vraiment. Déjà, parce qu’elles calculent une situation dans un pays donné – en l’occurrence en Chine, et avec des paramètres qui ne correspondent pas à ce que l’on a pu observer en France. Comme le rappelle le virologue Samuel Alizon – l’intervalle sériel dont je vous parlais est une donnée difficile à obtenir. Pour la France par exemple, la donnée n’existe pas, mais l’Imperial College de Londres se base pour l’Europe plutôt sur 6 jours et les autres modélisations autour de 4,5.

Vous l’aurez compris, le R0 n’est pas une valeur fixe, mais fonction de la transmissibilité dans une population spécifique, ainsi que de la méthode utilisée et des paramètres choisis. Certains calculs chinois obtiennent des valeurs de 6,47 quand d’autres, réalisés avec d’autres paramètres, arrivent à moins de 2, à 1,95.

Pour ce qui nous concerne donc, les chiffres de l’Institut Pasteur correspondent mieux à notre réalité épidémiologique. Maintenant, le R0 se calcule dans le temps puisqu’il faut prendre en compte la période d’incubation, le temps de réaliser le test qui confirme l’infection, la semaine qui sépare en moyenne les premiers symptômes de l’admission à l’hôpital et encore quelques jours supplémentaires pour laisser se dessiner une tendance.

Résultat : pour savoir quel impact le déconfinement a sur la remontée du R0 en France, il faudra attendre jusqu’à la fin du mois de mai, peut-être début juin, précisément le moment que le gouvernement attend pour faire évoluer, dans un sens ou dans l’autre, ces mesures de déconfinement.

Cette chronique a été préparée avec l'aide de Mathieu Moslonka-Lefebvre, président de l'association Data Covid .

Intervenants
  • Producteur de l'émission "La Méthode scientifique" sur France Culture
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